موسیقی فیلم «شهر موشها ۲» با توجه به استفاده از قطعات نوستالژیک محمدرضا علیقلی آن چنان نوستالژیک شنیده نمی شود و باید گفت فقط تمی از «شهر موشها ۱» را در بردارد. اما با این حال باز هم دهه شصتی ها می توانند با آن ارتباط خاطره انگیز را برقرار کنند. موسیقی با توجه به فیلم که عروسکی است و فضایی فانتزی-صورتی دارد، ریتمیک شنیده می شود. بدان معنا که مخاطب می تواند ریتم موسیقی را در ذهن به یاد بسپارد.

موسیقی چنان در دل فیلم جریان دارد که می توان گفت فیلم فضایی موزیکال دارد به خصوص در بخش هایی که گربه های شرور وارد صحنه می شوند و خودی نشان می دهند. در این سکانس ها دیالوگ های ۲ گربه شرور شعر گونه شنیده می شود؛ دیالوگ ها هم وزن و هم قافیه هستند. در این سکانس ها موسیقی در زیر دیالوگ ها و به صورت یک بستری برای روان کردن دیالوگ ها به مدد آمده است. بهرام دهقانیار بخش های آغازین و پایانی فیلم را -در هر دو آن ها جشن در شهر برپا شده است- شاد و کودکانه موسیقایی کرده است.

موسیقی در این دو بخش چنان جذاب کار شده که هر کودکی فارغ از سن و سال و کودکان دهه ۶۰ و ۵۰ می توانند با آن ارتباط برقرار کنند. در این دو بخش سازهایی که در موسیقی شنیده می شوند، در دستان موش های کوچک قرار دارد و هر کدام نوازنده یک ساز هستند. این بخش از فیلم به شدت جذاب است چرا که هم به لحاظ موسیقایی و هم به لحاظ بصری دقیق و ظریف کار شده است. هیچ سازی به اشتباه به دست موشی دیده نمی شود و دقیقا سازهایی که در آن بخش از موسیقی به کار گرفته شده است، در دستان بچه موش های کوچک «شهر موشها» دیده می شود.

در بخش آغازین فیلم که در اصل جشن بازیگشایی مدرسه می باشد موسیقی در قسمتی خاطره انگیز، پارت نویسی دوباره شده است؛ همان ترانه «ک، مثل کپل» که در قسمت اول «شهرموشها» شنیده شد. دهقانیار در همان آغاز فیلم مخاطب خود را به سال های گذشته می برد و خاطرات کودکانه ای را در ذهن اش به تصویر می کشد. موسیقی فقط در این بخش است که به شدت خاطره انگیز شنیده می شود چرا که در دیگر بخش ها فضایی جدا از این را نمایان می کند. فضایی که کودکانه و شاد است اما آن چنان نوستالژیک برای مخاطب دهه شصتی شنیده نمی شود.

کلارینت، ویولن، ترومپت، درامز، گیتار، گیتار الکترونیک سازهایی هستند که نوازندگان عروسکی آن ها بچه موش ها هستند. با همه این ها دهقانیار موسیقی شادی را به کودکان هدیه داده و در اصل باید گفت حجت موسیقایی را بر فیلم کودک تمام کرده است.